Jurusan/Prodi Fisika Fakultas MIPA (FMIPA) Universitas Pattimura (Unpatti) berdiri pada tahun 1998,. PS Fisika dipimpin pertama kali oleh Ir. M. Souisa, M.Si sebagai Ketua Jurusan dan H. I. Elim, S.Si sebagai Sekretaris Jurusan selama periode tahun 1999-2003. Periode tahun 2005-2009, Jurusan Fisika dipimpin kembali oleh Ir. M. Souisa, M.Si dengan Sekretaris Jurusan Grace Loupatty, S.Si., M.Si.
Pada periode tahun 2009-2013, Jurusan Fisika selanjutnya dipimpin oleh Grace Loupatty, S.Si., M.Si dengan Sekretaris Jurusan Richard R. Lokollo, S.Si., M.Si. Pada periode tahun 2013-2017, Jurusan Fisika dipimpin oleh Richard R. Lokollo, S.Si., M.Si dengan Sekretaris Jurusan Diana J. Patty, S.Si., M.Sc. Kemudian, periode tahun 2017-2021, Jurusan Fisika dipimpin oleh Helda Andayany, S.Si., M.Sc dengan Sekretaris Jurusan Diana J. Patty, S.Si., M.Sc. Periode 2021-2025, Jurusan Fisika dipimpin oleh Richard R. Lokollo, S.Si., M.Si dengan Sekretaris Jurusan Mirtha Y. S. Risakotta, S.Si., M.Sc.
Sejak tahun 2022, PS Fisika telah berhasil terakreditasi “UNGGUL” berdasarkan Keputusan Lembaga Akreditasi Mandiri Sains Alam dan Ilmu Formal (LAMSAMA) Nomor 049/SK/LAMSAMA/AKRED/S/XII/2022 berlaku mulai 21 Desember 2022 sampai dengan 21 Desember 2027. Akreditasi pertama PS Fisika di tahun 2012 meraih nilai “B” oleh BAN-PT dengan Nomor SK BAN-PT: 024/BAN-PT/Ak-XV/S1/VIII/2012 dan diakreditasi kembali pada tahun 2017 dengan nilai “B” oleh BAN-PT dengan Nomor SK BAN-PT: 5083/SK/BAN-PT/Akred/S/XII/2017.
Berdasarkan Peraturan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 24 Tahun 2024 tentang organisasi dan tata kerja Universitas Pattimura. (Ditetapkan di Jakarta tanggal 4 Juli 2024 dan diundangkan tanggal 8 Juli 2024). Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (FMIPA) berubah nama menjadi Fakultas Sains dan Teknologi, sehingga Program Studi Fisika sekarang bernaung dibawah Fakultas Sains dan Teknologi (FST), Universitas Pattimura.
Pada tahun 2025, Jurusan Fisika menambah Program Studi Rekayasa Instrumentasi dan Automasi (RIO) yang resmi memperoleh izin penyelenggaraan melalui Surat Keputusan Menteri Pendidikan, Kebudayaan, Riset, dan Teknologi Republik Indonesia Nomor 81/A/O/2025 tentang Izin Pembukaan Program Studi Rekayasa Instrumentasi dan Otomasi Program Sarjana pada Universitas Pattimura di Kota Ambon. Dengan demikian sejak Semester Ganjil Tahun Akademik 2025/2026, Jurusan Fisika FST Unpatti sudah terdiri dari Prodi Fisika dan Prodi RIO.
Pencapaian Program Studi (Prodi) Fisika FST Unpatti menunjukkan kekonsistenan dalam mempertahankan mutu dan kualitas pembelajaran serta terus berupaya untuk membenahi kualitas pembelajaran dari waktu ke waktu, sehingga mendorong minat calon mahasiswa untuk memilih Program Studi Fisika FST Unpatti sebagai tempat untuk menyerap ilmu pengetahuan yang menjadi bekal guna mempersiapkan masa depan.
Jurusan Fisika FST Unpatti, sekarang dipimpin oleh Ronaldo Talapessy, S.Si, M.Sc., Ph.D selaku Ketua Jurusan dan Annamaintin K. Lebang, S.Si., M.Si selaku Sekretaris Jurusan periode tahun 2025-2029. Sementara Ketua Prodi Fisika dijabat oleh Dr. Diana J. Patty, S.Si., M.Sc dan Ketua Prodi RIO dijabat oleh Gianita Salamena, S.Si., M.Si.